vendredi 28 mai 2010

Visite de la National Library of Medicine


Je crois bien avoir atteint le sommet de la nerditude en me faisant faire une carte d'usager de la NLM! Un beau souvenir (et gratuit en plus) de la plus grande bibliothèque médicale au monde! Bah, ce sera bon pour leurs statistiques, car depuis que la sécurité a été renforcée sur le campus du NIH, le nombre de visiteurs a brutalement chuté. Ceux qui viennent ici le font parce qu'ils ont vraiment envie de venir; une visite dure en moyenne 18 minutes et il y a entre 600 et 800 prêts par jour, sans compter le PEB.

La NLM a donc le mandat de conserver (et cataloguer) les documents publiés aux États-Unis en sciences de la santé, mais la collection de plus de 14 millions de documents comporte également des titres écrits en d'autres langues et provenant d'autres pays. La bibliothèque se compose, au rez-de-chaussée: d'un espace pour des expositions, d'une salle de lecture principale et d'une autre pour l'histoire de la médecine. Il y a ensuite trois étages souterrains où sont conservés les documents. Les rayons sont donc fermés au public.

Les étages souterrains sont chacun grands comme un terrain de football, reposent sur un plancher de 11 pouces de béton armé, et sont étanches à une attaque nucléaire. Au B1 se trouvent les périodiques courants, et il ne reste plus qu'une étagère double de libre! Au B2 sont classés les livres publiés après 1914 (même pas catalogués NLM: on les place à la suite sur la tablette selon l'ordre d'arrivée), des radiographies et autres objets médicaux. Enfin, l'étage inférieur B3 contient du rayonnage compact pour héberger la collection de périodiques reliés (depuis 1876). Mis bout à bout, ce rayonnage couvrirait une distance de 100 km... il est donc question de numériser tout ça, car l'espace manque. Il n'y a plus de microfilmage depuis 2 ans.

Notre visite nous a ensuite menés à la salle de lecture d'histoire de la médecine, où nous avons pu admirer, parmi plusieurs incunables, le Fasciculus medicinae, premier livre d'anatomie imprimé. Ici les ouvrages les plus précieux ont leur salle de conservation. Il y a même un catalogue à fiches qu'on laisse sur place, uniquement parce que le mobilier est incrusté dans le plancher!

J'ai cru pleurer d'émotion (toujours la nerd) en passant devant la salle des serveurs du NCBI, où sont hébergées les millions de séquences de GenBank... dont les quatre que j'ai déposées :D. Des écrans montrent également, en temps réel, quels sont les termes recherchés dans MedlinePlus et d'où proviennent les requêtes (synthèse géographique). En terminant, notons que j'ai rencontré pendant cette visite Michelle Kraft, certains d'entre vous lisent peut-être son blogue, et vous pouvez lire ses impressions de la visite de la NLM ici (il est évident qu'elle est plus à l'aise que moi pour bloguer!). Restez à l'écoute pour mon billet final, sans doute mardi ou mercredi!

jeudi 27 mai 2010

Dossiers de patients informatisés


La conférence NLM/MLA a été donnée par John D. Halamka, médecin et chercheur au pedigree impressionnant et à la personnalité exubérante. J'ai donc rencontré un second humain dont le génome a été rendu public (après J. Craig Venter cet automne), faut croire que ça devient commun! Le Dr Halamka est l'une des dix personnes qui divulguent aussi leur dossier médical pour faire avancer la science. Cet altruisme lui est quand même profitable, puisqu'on a pu identifier dans son génome deux facteurs de risque pour le glaucome; il souffre effectivement de cette maladie silencieuse, qui est maintenant contrôlée par médication.

Le conférencier nous a donc présenté les cinq défis de l'informatisation des dossiers de patients:
  1. Le consentement au partage des données: qui aura accès, à quels éléments et dans quelles circonstances au dossier médical? La NLM pourra intervenir en codifiant toutes les possibilités en langage contrôlé.
  2. L'implication personnelle du patient: plusieurs maintiennent déjà leur dossier avec Google Health (voir celui du Dr Halamka), une avenue serait donc d'avoir son propre URL agrégateur de données. Ici la NLM peut intervenir en éduquant le patient pour l'interprétation des données, par exemple avec des liens vers Medline Plus.
  3. (Anecdote: on a considéré à un moment d'implanter dans le bras des patients des puces RFID contenant leur dossier médical. Le Dr Halamka a servi de cobaye et fait maintenant déclencher l'alarme antivol à chaque fois qu'il va chez BestBuy!)

  4. Faciliter la normalisation: tant au niveau du contenu, du vocabulaire et de la transmission des données. Ici encore, rôle pour les bibliothécaires.
  5. Colliger les données à partir de dossiers individuels: le succès sera garanti par une structuration des données au point d'entrée et en utilisant une approche fédérée (conserver les dossiers localement). Le Dr Halamka a donné comme exemple le Shared Health Research Information Network, qui comprend une interface de requête centrale qui repêche les données dans chacun des établissements du réseau. On peut ainsi comparer en quelques secondes, par exemple, les proportions de personnes diabétiques et asthmatiques dans une population.
  6. Un mécanisme de support à la décision devra être intégré. Il faudra aller au-delà des données du dossier médical et utiliser des règles pour les interpréter, par exemple au moyen d'une interface de décision basée sur les données probantes.
Vous pouvez voir les diapos de la conférence ici (plusieurs images illustrent ce que je vous ai résumé). Je me demande si les bibliothèques médicales québécoises sont/seront impliquées dans l'informatisation des dossiers médicaux? Et où sont nos futurs professionnels en informatique médicale? À l'UdeM, il semble y avoir des cours au programme du bac. en informatique.

Voir le vidéo de la conférence en ligne

Ma bibliothèque idéale: NIH Library


En marge du congrès, plusieurs visites de bibliothèques ont été organisées. Je n'allais pas rater la chance de visiter celle du campus des National Institutes of Health, où se trouve une des plus grandes concentrations de prix Nobel au monde. Le NIH est la principale agence fédérale qui conduit et finance la recherche médicale aux États-Unis. Il est composé de 27 instituts et centres de recherche, et leur consacre un petit budget annuel de $28 milliards, dont environ 10% à ses propres chercheurs (près de 6000), qui sont majoritairement regroupés sur le campus de Bethesda, au Maryland, à 30 minutes de métro du centre-ville de Washington. Le campus a sa propre police, sa salle d'urgence et bien sûr sa bibliothèque.

Parlons d'abord des espaces physiques. La bibliothèque a subi une rénovation majeure en 2009. La terrasse extérieure a été complètement repensée, et je vous invite à voir des photos de la transformation. On a installé des capteurs solaires qui fournissent l'électricité pour l'éclairage, l'eau de pluie du "toit vert" est recyclée, on a installé une station météorologique, et ce qui était auparavant un endroit surchauffé est devenu un lieu de détente et de rencontre. À l'intérieur, on a utilisé des matériaux écologiques pour réaménager l'aire de lecture, créé une salle de formation, et repensé l'éclairage. Le mobilier est confortable, varié et déplaçable pour pouvoir y organiser des réceptions (et ainsi faire redécouvrir la bibliothèque à des gens qui n'y mettaient plus les pieds). Je n'ai malheureusement pas trouvé de photos sur le Web, c'est un bel endroit dans les teintes de vert.

Côté Web, vous pouvez aller essayer First Step, un métamoteur de recherche sémantique maison développé à partir de HealthMash. Vous ne pourrez pas voir les résultats provenant des ressources réservées comme UpToDate, mais pourrez constater qu'ils sont présentés en grappes selon les sujets et les types de documents (nouvelles, vidéos, EBM), et que la recherche sémantique favorise l'exploration et la découverte.

La bibliothèque a mis en place un programme d'informationnistes depuis une dizaine d'années. Ils sont maintenant 14, et sont intégrés dans divers groupes, de la tournée clinique aux heures de bureau dans un endroit hors bibliothèque. Deux d'entre eux sont spécialisés en bio-informatique, et pas besoin de préciser que les formations qu'ils offrent sont fort populaires! Il y a également un centre d'aide à la rédaction, qui vise à aider les usagers à produire le premier jet d'un manuscrit: grammaire, références bibliographiques, bibliométrie, droits d'auteur. Merci au personnel pour la visite fort intéressante!

mercredi 26 mai 2010

Les TI et nous

La session de ce matin, "Librarians and Information Technology: Seeing Eye to Eye" se voulait une occasion pour les bibliothécaires de réfléchir sur leurs interactions avec les gens des TI. Tout d΄abord, estimons-nous chanceux à l΄UdeM d΄avoir notre bien-aimé Bureau des sytèmes intégré à la Direction des Bibliothèques, car les problèmes et solutions présentés ce matin s΄appliquaient surtout pour des entités administratives distinctes. Encore une fois, l΄importance de communiquer efficacement a été mentionnée. Particulièrement, lorsqu΄un problème survient, rapporter tous les détails nécessaires, et lors de la présentation de nouveaux projets, rédiger un plan d΄action détaillé. Cette session m΄a aussi donné l΄idée de rencontrer au moins une fois les webmestres des facultés et écoles que mon secteur dessert.

Il y a des visites au programme cet après-midi (National Library of Medicine et National Institutes of Health Library), je vous en reparle demain car je n΄aurai pas accès à un ordinateur d΄ici là. Bye bye!

mardi 25 mai 2010

Outils PubMed et autres idées

Ma nouvelle amie Carrie donne un atelier fort couru où elle présente des outils qui vont au-delà de PubMed. Je pourrais y ajouter Gene2Mesh et FABLE (de ma formation NCBI) pour en faire un nouvel atelier.
GoPubMed: donne des statistiques sur les articles et périodiques les plus consultés sur un sujet, montre les tendances de publication, fait une carte d΄après les affiliations des auteurs;
NovoSeek: utile pour trouver les subventions selon le sujet
eTBLAST: criblage du texte d΄un article pour en trouver des similaires dans PubMed
DéjàVu: spin-off du précédent, peut surligner les portions de texte qui ont déjà été publiées.

Autre présentation qui a retenu mon attention, la bibliothèque des sciences de la santé de NYU s΄est convertie à des outils en libre accès pour gérer son contenu Web (Drupal), son SIGB (Koha) et son dépôt institutionnel (Fedora). Économie d΄argent et un meilleur contrôle des paramètres,
mais un investissement en temps assez monumental, vous vous en doutez!

Côté affiches, je retiens une distribution de clés USB incluant des fichiers pertinents à la bibliothèque aux étudiants de première année de médecine à la rentrée (reste à trouver 1000$). Aussi, une affiche sur l΄implantation d΄un bureau de référence dans des contextes cliniques et de recherche. Je me vois très bien à l΄IRIC :D!

Du côté des fournisseurs


• Les gens de JoVE sont au courant que nous trouvons que leur message automatique de recommendation aux bibliothécaires UdeM est quelque peu intrusif. Je communiquerai avec eux sous peu pour qu΄un lien vers notre page Web de sources de protocols soit ajouté. Ils pourront également me dire combien d΄usagers UdeM essaient d΄accéder à leur site. Il paraît que nos chercheurs y ont déposé une proportion importante de vidéos, à voir.

• Je reviens avec des codes d΄accès temporaires pour plusieurs ressources en sciences de la santé à l΄intention de mes collègues, puisque moi je n΄achète rien :D

• Je me suis officiellement plainte aux gens d΄Embase pour leur inclusion des notices Medline. Vlan!

• Il existe une ressource de pratique factuelle en médecine vétérinaire, VetMed, qui est disponible gratuitement lorsqu΄on a une licence pour la base CAB. À valider avec notre futur collègue!

Image: flickr.com/photos/euthman/3372728694/

Table ronde sur les "Liaison Librarians"

Ouf! Regain de confiance en assistant à une présentation-éclair du NCBI sur leurs principales bases de données. J΄ai définitivement une longueur d΄avance sur bien des bibliothécaires car nous en avons perdus quelques-unes en chemin :D!

J΄arrive d΄une table ronde sur le sujet “Librairy Liaisons Stepping out of the Library”. En groupes de 10, nous avons présenté nos initiatives dans ce domaine. J΄ai pris des notes! Je retiens qu΄il ne faut pas avoir peur de s΄impliquer dans les activités de nos départements, et que ce sont les petites initiatives qui porteront fruit éventuellement. Un participant nous a également prévenus que l΄effet “boule de neige” de ces actions peut devenir très accaparant… je n΄ai pas de peine à me l΄imaginer.

En passant, au moins deux personnes à ce congrès m΄ont demandé des nouvelles de mon collègue Jean Paul de médecine vétérinaire, il me fera plaisir de le lui signaler!

Lost in space

Ce matin avait lieu la réunion du Molecular Biology and Genetics Special Interest Group. J΄ai vraiment eu l΄impression d΄être une élève de maternelle qui se retrouve dans une classe de 6è année par erreur… les sujets discutés étaient à quelques années-lumière de l΄état actuel de mon service en bio-informatique. Par exemple, plusieurs bibliothèques offrent des licences pour des applications comme GeneGo et Ingenuity à leurs usagers, d΄autres sont impliquées dans la recherche translationnelle… Respirons par le nez et faisons un pas à la fois!

Il a tout de même été question de ressuciter un programme de formation pour les bibliothécaires, jadis offert par le NCBI (voir le Course Archive), et je pense que je pourrais grandement en profiter. Malgré tout, je suis contente d΄avoir pu rencontrer tous ces gens, que je pourrai éventuellement harceler avec mes questions!

lundi 24 mai 2010

Un souper avec de nouveaux amis


Ma journée a débuté avec un avant-midi libre, puisque plusieurs réunions de sections avaient lieu ce matin. J΄en ai profité pour aller courir sur le National Mall, qui est l΄espace vert au coeur de Washington, entouré des musées Smithsonian et de plusieurs monuments. Belle expérience pour la nouvelle athlète que je suis! J΄ai ensuite découvert le quartier Adams Morgan, puis dîné dans le quartier chinois.

La principale session à laquelle j΄ai assisté avait pour sujet la recherche translationnelle. Comme la définition de ce MeSH n΄est pas encore disponible en français, la voici en anglais: “The application of discoveries generated by laboratory research and preclinical studies to the development of clinical trials and studies in humans”. En bref, l΄accélération de la découverte en laboratoire jusqu΄à l΄application en clinique, comme le modèle en place à l΄IRIC. Plusieurs bibliothèques américaines sont impliquées dans cette approche multidisciplinaire et intégrée, entre autres suite à l΄octroi de subventions (Clinical and Translational Science Awards). Par exemple, des bibliothécaires agissent comme liaisons entre les parties prenantes.

Côté affiches, je retiens un projet multidisciplinaire d΄atelier de formation en pratique factuelle qui réunit des étudiants de médecine et de pharmacie, de même que l΄implication d΄une bibliothécaire dans la création d΄affiches par les étudiants d΄un cours de génétique.

Et finalement, 10 personnes ont répondu à mon invitation de souper pour les bibliothécaires au lourd passé de scientifiques. Des discussions fort intéressantes!! Merci encore à la Direction des Bibliothèques de me donner la chance de rencontrer des gens qui offrent des services similaires à ceux que j΄aimerais implanter. Rien de mieux que de partager des idées, et la motivation vient également de pair!

Image: www.dailyventure.com

dimanche 23 mai 2010

Posters and receptions


Exusez-moi pour la langue... but I have had a few drinks (crashing at the Ovid party : thanks Monique, that was a great idea) and I don't feel like fetching all the special signs on Word all over again :D. And my mind is running on English anyway, so no worries, this should be readable.

There were a few poster presentations of interest this afternoon. First, someone made a survey of librarians who were health professionals at some point in their career before switching to LIS. It is no surprise that these people feel like they have an edge when they need to interact with researchers. Next, someone demonstrated how she managed to gather 5 independent health librarywebsites into one - this rings a bell with my situation at UdeM! Two different presenters from U of Pittsburgh showcased their bioinformatics directory (I actually talk about it in my NCBI workshop and I'll include the link in my furture bioinformatics guide, so they were pleased when I mentioned this to them). Finally, a librarian showed us the need for libraries to become involved in the storage of data generated by academic researchers.
Back at the exhibits for a little while, where I got friendly with the Nature guys (Scientific American has moved with them). Patrice will be happy to hear that he'll get a free trial to the Natural Products database for the next month :D Since I never buy anything at the library, here I get to pretend to be interested in vendor stuff so I can collect nice pens!

I went back to my room to unload all the goodies accumulated so far (for my colleagues! I swear!) and returned to attend the International reception. There I chatted with Benjamin from this morning, and fellow Canadian librarians from UBC and University of Victoria; and greeted Benedicte from Sanofi-Adventis in Laval (we met at SLA before) and a librarian from Lebanon. My fellow Canadian librarians and I then managed to crash the Ovid party, where I danced wildly on 80's music, enjoyed great food and met someone from the University of Calgary, among others. I had to promise her that I'll present a poster there next year at CHLA ;D

There is a librarians band playing right now (the Bearded pigs) so I'll go take a peek and then I'm off to bed. It's been raining here so I dunno if I'll be running on the Mall tomorrow morning as planned... also as a general comment on MLA10, note that there are no recycling bins on view to get rid of all these paper handouts, and that the ambient temperature in the meeting rooms is 12C. And this is a so-called "green conference" ?! Merci and more tomorrow!

Où je rencontre du ben bon monde

Début du congrès hier soir avec une petite réception et l΄ouverture du salon des exposants. Je pense bien sûr à mes collègues en ramassant des babioles promotionnelles! Ce matin, petit déjeuner des "MLA first-timers", et j΄ai eu la chance de rencontrer Benjamin, qui offre des formations en bio-informatique à l΄institut Max-Planck de Munich. Pouvoir discuter avec quelqu΄un qui a développé un service comme je veux le faire est une occasion formidable! Et ça ne fait que commencer…

Le conférencier invité de ce matin, Daniel Pink, est venu nous donner un pep talk sur l΄importance d΄utiliser les fonctions associées avec l΄hémisphère droit de notre cerveau dans notre pratique: mettre l΄information en contexte pour nos usagers. Face à l΄automatisation des tâches et à l΄abondance d΄information, notre survie comme gestionnaires et diffuseurs d΄information passera par six habiletés: le design (résolution de problèmes), les histoires (mettre l΄information en contexte), la symphonie (penser stratégiquement vers le futur), l΄empathie, le jeu et le sens. J΄ai quitté avant la fin pour assister à une présentation de la nouvelle interface de Springer (et attraper un lunch gratuit!).

Je sors d΄une plénière sur les informationnistes en pratique et c΄était formidable (pour moi!). Quatre bibliothécaires qui offrent un service en bio-informatique sont venus parler de leurs expériences. Tous donnent des formations et offrent un service de référence, mais plusieurs proposent également l΄accès à des ressources pour lesquelles la bibliothèque détient une licence institutionnelle. Un jour à l΄UdeM?! J΄ai demandé des conseils pour me faire connaître auprès de mes clients potentiels, il semble que je sois dans la bonne voie.